印尼华人历史上确实遭遇过一些劫难。但要说印尼华人受歧视，据目前来说，并不是很准确的描述。印尼在苏哈托下台以前，曾经将公民分为土著和非土著，并对非土著加以限制，但这个差异在瓦希德当总统的时候就已经取消了。现在印尼公民中没有土著与非土著的区别，而马来西亚目前仍存在土著特权。

在经济领域，印尼与马来西亚的顶级富豪都是华人占多数，考虑到印尼华人数量比马来西亚华人少的多，印尼华人在经济上的优势地位其实更引人注目。

在政治领域，马来西亚华人是马来西亚仅次于马来族的政治力量。但印尼华人也有不少从政者，从内阁部长到地方省长都有华人的身影。与此同时，无论是马来西亚还是印尼在政治上居主导地位都是主体民族，只有他们才可以成为政府首脑。马来西亚的历任首相全部都是马来族。而印尼建国以后的七任总统除了哈比比以外都是爪哇族，唯一不是爪哇族的哈比比也有一半爪哇族血统，他的母亲是爪哇族。但这也很难被说成华人政治上没有地位，因为无论是马来西亚还是印尼，华人都不是最弱势的民族，马来西亚和印尼的非穆斯林土著以及大马印度人才是最弱势的，不但在政治上没有影响力，经济上也处于弱势。

外界之所以会有印尼华人处境悲惨的刻板印象，可能和98年的排华事件有关，但是98年的暴乱有其特殊性，它是政局动荡的产物。印尼在苏哈托刚下台的动荡时期其实发生过数次族群冲突，并不是仅有针对华人的。2001年加里曼丹达雅族（基督徒）与马都拉族（穆斯林）的血腥冲突中死的人其实并不比黑色五月少。只是它与华人无关，所以华文圈不会关注它。

除了98年的排华事件以外，一些华文媒体还将1965年的930事件说成屠华，但这是非常值得商榷的。930事件发生在冷战的背景下，事件中的死者数量众说纷纭，从十万到三百万都有。其中华人死者的数量从两千到三十万不等。不管哪个数据，死者中的土著都比华人多出数倍，这显然不能被称作屠华。就像柬埔寨死寂零年的受害者中也有许多华裔，但它不是屠华，因为死去的高棉人更多。

印尼华人历史上之所以命运坎坷，主要原因是印尼这个国家本身就发展的比较坎坷，而不是印尼华人在国内的地位比较低。马来西亚华人历史上境遇比印尼华人好的多，也是因为马来西亚本身比印尼稳定的多，发展也比印尼好的多（马来西亚的人均收入接近印尼的三倍）。